ice

正五角形のナノ氷結晶

我々のグループの新しい論文が出版されました。 岡山大学プレスリリース 多双晶ナノ結晶は、四面体の局所配置を優先的にとる物質ではよく見られるが、水の結晶ではまだ見られない。氷のナノ結晶は雲の微物理において極めて重要であり、結晶サイズが小さくなるにつれて、その表面は構造を決定する上でますます顕著になる。それにもかかわらず、ナノ結晶構造に関する議論は、主にバルクで観察される氷の多形、すなわち六方晶（Ih）、立方晶（Ic）、および積層無秩序（Isd）を中心に行われてきた。ここでは、分子動力学（MD）シミュレーションにより、数ナノメートルの大きさの液体の水滴から、氷の法則に反することなく十面体および二十面体のナノ結晶が形成されることを示す。mW モデルを用いて力ずくで自発結晶化を行い、TIP4P/Ice モデルを用いて熱力学的安定性を調べた。結晶化過程では、双晶境界の形成に先立ち、5 回対称性と正 20 面体対称性を示す中心が出現する。自由エネルギー計算から、二十面体は氷 Ih ナノ結晶と同等の安定性を持つことが示唆された。このような未報告の氷のナノ結晶が頻繁に出現することは、天然の多結晶雪の結晶が、隣接する枝の Ih c 軸間の角度が 70.5 度であることと一致する。さらに、フラーレン内で多双晶氷ナノ結晶の形成が促進されることを示し、実験的観測の可能性を提供する。 Zhang, X., Matsumoto, M., Zhang, Z. & Mochizuki, K. Multitwinned ice nanocrystals. ACS Nano (2024) . DOI:10.1021/acsnano.4c07226

氷の高次構造と均衡原理

我々のグループの新しい論文が出版されました。 氷の結晶構造の中に隠された「一筆書き」構造に注目し、それが氷にどのような変わった性質をもたらすかをいろんな角度から議論しました。 松本 正和、二井矢 圭佑(本研究室OB, 2022年度修士修了) 、田中 秀樹、氷の高次構造と均衡原理、日本結晶学会誌 2024 年 66 巻 1 号 p. 39-47. DOI:10.5940/jcrsj.66.39 DOI:10.5940/jcrsj.66.Cover1 表紙

Genice-core:水素無秩序氷を生成する効率的アルゴリズム

我々のグループの新しい論文が出版されました。 氷は通常の結晶とは異なり、ランダム性を含んでいるため、アンサンブル平均に基づく統計的な取り扱いが不可欠です。 氷の構造は、アイスルールとして知られるトポロジカルな規則によって制約されており、この規則が氷に独特の異常な性質を与えています。 このような性質は、システムサイズが大きい場合に顕著になります。 このため、均質にランダムで氷の規則を満たす、十分に大きな結晶を大量に生成する必要があります。 私たちは、イオンと欠陥を含む氷構造を迅速に生成するアルゴリズムを開発しました。 このアルゴリズムは独立したソフトウェアモジュールとして提供され、結晶構造生成ソフトウェアに組み込むことができます。 これにより、これまで不可能であったスケールの氷結晶のシミュレーションが可能になります。 Masakazu Matsumoto, Takuma Yagasaki, and Hideki Tanaka, GenIce-core: Efficient algorithm for generation of hydrogen-disordered ice structures, J. Chem. Phys. 160, 094101 (2024). DOI:10.1063/5.0198056 GenIce-coreリポジトリ

氷の結晶を生成する新アルゴリズム

我々のグループの新しい論文が出版されました。 氷の中に微量に溶けこんだ分子のふるまいを調べたり、新しい結晶構造を探す研究で、非常にたくさんの分子からなる氷の計算機シミュレーションの需要が高まっています。 通常の結晶とは異なり、氷の結晶のなかの水分子は向きがそろっていません。計算機シミュレーションで氷を扱う場合には、分子の向きがランダムになった結晶構造を適切に生成する必要があります。 我々は、新しい結晶構造生成アルゴリズムを考案しました。これまでの手法に比べて格段に速く、しかもその差は分子数が多い構造ほど際立ちます。原理的に、これ以上速いアルゴリズムは望めません。このアルゴリズムは、氷構造生成ソフトウェアGenIceの最新版で利用できます。 Matsumoto, Masakazu, Takuma Yagasaki, and Hideki Tanaka. 2021. “Novel Algorithm to Generate Hydrogen-Disordered Ice Structures .” Journal of Chemical Information and Modeling, https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00440.

極限状態におけるクラスレート水和物の出現について:極低温における解離圧力と占有率と惑星系への応用

本研究では、星間空間の熱力学的条件や人工衛星内の水圏表面の熱力学的条件を網羅し、0Kから200Kまでの極低温でのクラスレート水和物の熱力学的安定性を幅広い圧力範囲で調べている。相の振る舞いの評価は、分子間相互作用のみを入力とする厳密な統計力学理論に基づいて、圧力を変化させた量子分割関数を設定することによって行われている。ゲスト種として、衛星内の揮発性物質の主要な成分である希ガス,炭化水素,窒素,酸素を選択した。本研究では、水が豊富な条件下でのクラスレート水和物の水和物/水二相境界と、ゲストが豊富な条件下での水和物/ゲスト二相境界を調べた。いずれも氷晶衛星の表面または地下で発生するものである。得られた相図から、クラスレート水和物は三相共存条件から遠く離れた広い範囲で水またはゲスト種のいずれかと平衡状態にあること、また、クラスレート水和物の安定な圧力領域が冷却時に大きく拡大することが示された。このことは、タイタンの水の安定した形態についての我々の知見を示唆している。これは、エウロパやガニメデの表面では、薄い酸素空気が純粋な氷とのみ共存しているのとは対照的です。 (DeepL翻訳に手を入れました) Tanaka, H, Yagasaki, T, Matsumoto, M., On the Occurrence of Clathrate Hydrates in Extreme Conditions: Dissociation Pressures and Occupancies at Cryogenic Temperatures with Application to Planetary Systems, Planet. Sci. J., Volume 1, Number 3 https://doi.org/10.3847/PSJ/abc3c0

分子動力学法による氷の粒界と三叉路の研究

TIP4P/Iceモデルを用いて250Kでの多結晶氷の古典的分子動力学シミュレーションを行った。多結晶氷の構造は、過冷却水中で氷粒子を成長させることで作成した。最近開発された次数パラメータを用いて、液-液相転移シナリオの観点から局所構造を特徴付けることに成功した。その結果、氷の結晶粒界と三重接合は、ほとんどの水分子が4つの水素結合を形成し、O-O-O角が109.47°の四面体角からずれている低密度の液体水と構造的に類似していることが示された。結晶粒界の厚さは∼1nmである。本研究で計算された粒界に沿った水分子の拡散係数は5.0×10-13m2 s-1であり、実験データとよく一致している。また、トリプルジャンクションに沿った拡散は、粒界に沿った拡散よりも3.4倍速いことがわかった。シミュレーション結果を用いて多結晶氷中の水分子の拡散率の粒径依存性をモデル化したところ、ミリオーダーの粒径を持つ典型的な多結晶氷試料では、粒界と三重接合が拡散率に与える影響は無視できることがわかった。また、結晶粒界の特性は、同じ温度でも氷/蒸気界面の特性とは大きく異なることも明らかにした。 (DeepLによる機械翻訳) Takuma Yagasaki, Masakazu Matsumoto, and Hideki Tanaka, Molecular dynamics study of grain boundaries and triple junctions in ice, J. Chem. Phys. 153, 124502 (2020). https://doi.org/10.1063/5.0021635]

炭化水素ハイドレートのケージ占有率と解離エンタルピー

本研究では、クラスレート水和物の相平衡と解離エンタルピーを調べるために、クラスレート水和物の精緻な統計力学的理論を適用した。メタン,エタン,アセチレン,プロパン水和物の実験的な解離圧力は、私たちが提案した方法で十分に回復した。三相平衡条件に加えて、温度・圧力・組成空間における水/水和物及び水和物/ゲストの二相共存条件を推定した。その結果、相図中のゲスト分子の占有率と二相境界が、その大きさによって敏感に変化することが示された。ホスト分子とゲスト分子の相互作用から生じるエンタルピー成分を、対応する自由エネルギー値の温度依存性から個別に計算した。これにより、氷の融解のような共存相の相転移、特に三相平衡線に沿った相転移を考慮して、安定で準安定な熱力学状態での解離エンタルピーを評価することができる。 (DeepLによる機械翻訳) Tanaka, H, Yagasaki, T, Matsumoto, M., Cage occupancy and dissociation enthalpy of hydrocarbon hydrates., AIChE J. 2020;e17009. https://doi.org/10.1002/aic.17009

新しい氷の結晶構造を計算機で探す

マクロな単成分系では，温度，圧力が指定されれば，熱力学的に最も安定な相が一意に定まり，その構造は分子（の相互作用）のみに依存する．つまり，結晶構造は分子そのものにエンコードされていると言える．では，我々は分子を見ただけで，「ああ，この分子は結晶の種類が多いな」「この分子の相図は単純にちがいない」と判断できるだろうか?　この質問に答えるためには，さまざまな物質で相図をくまなく描き，分子間相互作用と相図の複雑さの一般的な関係を導く必要があるが，現状ではこの問題はほとんど手つかずと言ってもさしつかえないだろう． 水に関していえば，分子はもうこれ以上ないほど単純であるにもかかわらず，これまでに実験で17種類もの結晶形が見つかっている．しかも，おそらく最も研究されてきた物質なのに，今も次々に新たな結晶形が発見されているのである． 近年の傾向として，計算機シミュレーションが実験に先立って氷の結晶構造とその物性を予測するようになったことが挙げられる．計算機を使えば，極端な熱力学条件を扱いやすいし，安定相だけでなく，競合する準安定相の安定性を見積もることもできる．2014年に合成された第16番目の氷結晶形（氷XVI）は，2001年にはその物性や安定条件が理論的に予測されていた．次に合成される結晶形も，シミュレーションですでに予測されているかもしれない． 水は分子が極めて単純なので，最もシミュレーションしやすい物質のひとつである．水分子は原子3つが共有結合でつながった小分子で，ごく単純化されたモデルを使って近似計算すれば，さまざまな熱力学的な物性を短時間で再現できる．そのため，極めて早い時期（1970年代初頭）には分子動力学シミュレーションが実施され，以来計算機の発展とともに大規模なシミュレーションが行われ，相互作用モデルも精密化されてきた． では，計算機を使えば，冒頭に書いたように，分子間相互作用の知識だけから氷の相図を描けるのか．これまでにさまざまな結晶予測手法が提案されているものの，決定打と言うべき方法はまだ見つかっていない．分子間相互作用が弱く，精密な相互作用計算が必要であること，氷の単位胞が大きく，探索すべき構造の多様性が膨大であることがこの問題を難しくしている． 我々は，はじめから新しい氷を探しだすことを狙っていたわけではなく，また，結晶構造を探索する革新的な手法を見つけたわけでもない．既知のさまざまな氷の結晶形の相転移過程（融解・凍結）を計算機シミュレーションで再現したい，という目的で計算をはじめたが，その過程で期せずして新奇な氷の形成に次々に遭遇し，結晶構造探索の奥深さと困難さを思い知ることになった．一方で，水素結合ネットワークが形作る結晶構造の面白さと可能性を知ることができた． 分子が多数集まることではじめて生じる面白い現象を，水分子を先鋒として探っていこう，そこでの発見や経験がゆくゆくはもっと複雑な分子で起こる現象，ひいては新しい物理の発見にもつながるだろう，というのが我々の研究の目指す方向である． 松本正和， 矢ケ崎琢磨， 平田雅典, 新しい氷の結晶構造を計算機で探す, 日本物理学会誌 75 (7), 410-415 https://doi.org/10.11316/butsuri.75.7_410

氷多形における分子間振動運動の役割II：秩序・無秩序氷における原子振動振幅とフォノンの局在化

結晶性及び非晶質の19種類の氷の振動振幅とフォノン局在の程度を、信頼性の高い古典的な水の分子間相互作用モデルを用いた擬似ハーモニック近似により調べた。低圧氷では圧縮に伴って振幅が増加するが、中高圧氷ではその逆の傾向が観測された。低圧氷中の酸素原子の振幅は、ゼロ点振動の寄与を除けば、水素原子の振幅と変わらない。これは並進振動と回転振動が混在しており、コヒーレントではあるが逆位相の運動をしているためである。並進優位の運動と回転優位の運動がデカップリングされることで、どのような形の氷でも振動振幅が大幅に減少することがわかった。その結果、氷IIIの振動振幅は他の結晶氷と比較して非常に大きいことがわかった。振動モードの特性を調べるために、逆参加比と呼ばれる個々のフォノンモードの原子変位のモーメント比を計算し、結晶氷及びアモルファス氷におけるフォノンの局在化の程度を議論した。その結果、水素秩序氷のフォノンモードは、伝播性や拡散性を持って結晶全体に広がっているのに対し、水素秩序氷のフォノンモードは散逸性モードと呼ばれる振動帯の端に局在していることが明らかになった。低密度アモルファスや高密度アモルファスでは、酸素原子の無秩序化により局在化の度合いはあまり顕著ではないが、低密度アモルファスや高密度アモルファスでは、酸素原子の無秩序化により局在化の度合いが顕著になっている。(DeepLによる機械翻訳) Hideki Tanaka, Takuma Yagasaki, and Masakazu Matsumoto, On the role of intermolecular vibrational motions for ice polymorphs II: Atomic vibrational amplitudes and localization of phonons in ordered and disordered ices, J. Chem. Phys. 152, 074501 (2020). https://doi.org/10.1063/1.5139697